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Die Sondervorschrift des § 6 Abs. 2 WHG enthält eine abschließende Regelung für die Zulassung von Gewässerbenutzungen mit möglichen Auswirkungen auf FFH- oder Vogelschutz-Gebiete. Sie tritt an die Stelle des Art. 13c Abs. 2 BayNatSchG. Inhaltliche Abweichungen bestehen jedoch nicht; für die materielle Beurteilung der Zulässigkeit gelten die im Rahmen des § 19c Abs. 1 und Abs. 3 bis 5 BNatSchG erlassenen Art. 49a Abs. 1, 2 und 4 BayNatSchG.

Bewirken besondere Schutzvorschriften oder Art. 13d BayNatSchG einen strengeren Schutz des FFH- oder des Vogelschutz-Gebietes gegen Wasserbenutzungen, ist § 6 Abs. 2 WHG gemäß Satz 2 in Verbindung mit § 19f Abs. 2 BNatSchG nicht anzuwenden. Es gelten dann bezüglich Zuständigkeit und Entscheidungsgrundlage diese besonderen Schutzvorschriften. Zusätzlich gelten Art. 49a Abs. 2 Satz 3 2. Halbsatz, Abs. 4 BayNatSchG und § 19 Abs. 5 Satz 2 BNatSchG.

Für die Auswirkungen baurechtlich zu beurteilender Maßnahmen muss ergänzend die Prüfung nach Art. 49a Abs. 1 und 2 BayNatSchG von den hierfür zuständigen Behörden (vgl. Nrn. 9.6 und 11.3) erfolgen.

§ 6 Abs. 2 WHG enthält im Unterschied zu Art. 13c Abs. 1 Satz 2 BayNatSchG kein uneingeschränktes Verbot, Gebiete zu beeinträchtigen, die Gegenstand eines Konzertierungsverfahrens nach Art. 5 der FFH-Richtlinie sind (vgl. Nr. 4.4). § 6 Abs. 2 WHG ist im Hinblick auf Art. 5 Abs. 4 der FFH-Richtlinie europarechtskonform dahin auszulegen, dass eine erhebliche Beeinträchtigung von Konzertierungsgebieten zu unterbleiben hat.

Die Verträglichkeitsprüfung und Zulassungsentscheidung erfolgt durch die Wasserrechtsbehörde im Benehmen mit der Naturschutzbehörde der vergleichbaren Verwaltungsstufe. Für den Fachbeitrag der Naturschutzbehörde gilt Nr. 13.2 entsprechend.