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Zentrale Bedeutung unter den Schutzvorschriften für FFH- und Vogelschutz-Gebiete nimmt das in Art. 13c BayNatSchG enthaltene Verschlechterungsverbot ein. Dieses gilt kraft Gesetzes ab Bekanntmachung der zum Europäischen Netz „Natura 2000“ gehörenden Gebiete im Bundesanzeiger durch das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit (§ 19b Abs. 4 BNatSchG). Mit dieser Bekanntmachung ist nach derzeitiger Erkenntnis nicht vor dem Jahr 2001 zu rechnen.

Bereits jetzt besteht jedoch ein Schutz für die betreffenden Gebiete. Dies leitet sich unmittelbar aus dem in Artikel 10 des EG-Vertrages festgelegten Grundsatz des gemeinschaftsfreundlichen Verhaltens und der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs ab.

Kern der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofes ist, dass es den Mitgliedstaaten verwehrt ist, sich bei der gebotenen Umsetzung von Richtlinien auf ihr eigenes vertragswidriges Verhalten, insbesondere durch nicht rechtzeitige oder nicht vollständige Umsetzung, zu berufen.

Auch nach der deutschen Rechtsprechung besteht die Pflicht, die Ziele einer Richtlinie, d.h. hier der FFH-Richtlinie, nicht zu unterlaufen. Zu dieser Pflicht zählt es, nicht durch eigenes Verhalten gleichsam vollendete Tatsachen zu schaffen, die später die Erfüllung der aus der Beachtung der Richtlinie erwachsenden europäischen Vertragspflichten unmöglich machen.

Deshalb treten bis zur Bekanntmachung im Bundesanzeiger für Maßnahmen und Projekte des Staates oder der Kommunen sowie für Planungen an die Stelle der im Bundesanzeiger zu veröffentlichenden Gebiete die vom Freistaat Bayern in einer ersten Tranche bereits gemeldeten Gebiete sowie die vom bayerischen Ministerrat zur Meldung an die Kommission beschlossene Gebietsliste der zweiten Tranche. Diese Gebiete werden im Allgemeinen Ministerialblatt (AllMBl), zusätzlich durch Aushang der Karten im Maßstab 1 : 25.000 bei den von der Gebietsmeldung betroffenen Kreisverwaltungsbehörden und Kommunen bekannt gemacht.

Diese Liste ist abschließend. Daneben bestehen keine „potenziellen“ FFH-Gebiete oder „faktischen“ Vogelschutz-Gebiete. Etwaige Forderungen der Europäischen Kommission, weitere Gebiete nachzumelden, werden ebenfalls bekanntgemacht.

Ist ein Gebiet Gegenstand eines Konzertierungsverfahrens nach Art. 5 FFH-RL, gilt das Verschlechterungsverbot bereits während des Verfahrens in diesem Gebiet, sofern konkrete erhebliche Beeinträchtigungen der im Gebiet vorkommenden prioritären Lebensräume oder Arten zu befürchten sind.