11 Befreiung vom Verbot erheblicher Beeinträchtigungen
11   Befreiung vom Verbot erheblicher Beeinträchtigungen 
11.1   Rechtsgrundlage
Das Verbot erheblicher Beeinträchtigungen, das nach Art. 13c BayNatSchG für Veränderungen, Störungen, Projekte und Pläne gilt, kann für Projekte und Pläne unter den Voraussetzungen des Art. 49a BayNatSchG überwunden werden. Für Veränderungen und Störungen, die keine Projekte darstellen, gilt, weil insoweit die FFH-RL keine besonderen Zulassungsvoraussetzungen verlangt, die übliche Befreiungsmöglichkeit nach Art. 49 BayNatSchG, auf die hier nicht näher eingegangen wird.
Für immissionsschutzrechtliche Anlagen und für Gewässerbenutzungen gelten die Sondervorschriften des § 19e BNatSchG (vgl. Nr. 13) und des § 6 Abs. 2 WHG (vgl. Nr. 14). 
11.2   Unterlagen 
Zur Prüfung von Befreiungen (Art. 49a Abs. 2 BayNatSchG) sind ergänzend zu den in Nr. 9.7.1 genannten Unterlagen insbesondere folgende Angaben zu machen:
–  Aufzeigen von Alternativen ohne oder mit geringeren Beeinträchtigungen, falls vorhanden,	
 
–  Begründung für das Fehlen von Alternativen beziehungsweise von zumutbaren Alternativen,	
 
–  Darlegung der zwingenden Gründe des überwiegenden öffentlichen Interesses für die begehrte Zulassung des Projekts.	
 
Es kann der Verfahrensbeschleunigung dienen, wenn bereits bei der Antragstellung diese Angaben sowie Vorschläge zur Sicherstellung des Kohärenzausgleichs (vgl. Nr. 11.7) gemacht werden.
11.3   Zuständigkeit 
Zuständig für die Entscheidung über Befreiungen für Projekte vom gesetzlichen Verbot des Art. 13c Abs. 2 BayNatSchG ist, soweit in Schutzverordnungen gemäß Art. 13b Abs. 1 BayNatSchG nichts anderes bestimmt ist, die höhere Naturschutzbehörde gemäß Art. 49 Abs. 3 Satz 1 Halbsatz 4 BayNatSchG.
Soweit das Projekt nach anderen Vorschriften einer behördlichen Gestattung bedarf, wird die Befreiung gemäß Art. 49 Abs. 3 Satz 2 BayNatSchG im Einvernehmen mit der Naturschutzbehörde von der verfahrensführenden Behörde erteilt. Diese prüft zunächst selbstständig, ob die Befreiungsvoraussetzungen vorliegen. Bejaht sie dies, übersendet sie die Unterlagen an die Naturschutzbehörde. Im bauaufsichtlichen Genehmigungsverfahren ist die Übermittlung der Unterlagen an die zuständige Naturschutzbehörde mit dem Ersuchen um Erteilung des Einvernehmens im Sinn des Art. 69 Abs. 1 Satz 4 BayBO zu verbinden. Nach Ablauf der dort normierten Monatsfrist gilt das Einvernehmen als erteilt.
Zuständig für die Aufstellung von Plänen ist gemäß Art. 49a Abs. 3 BayNatSchG der jeweilige Planungsträger in eigener Verantwortung.
11.4   Prüfung von Alternativen
Eine Befreiung darf gemäß Art. 49a Abs. 2 Satz 1 BayNatSchG nur erteilt werden, wenn zwingende Gründe des überwiegenden öffentlichen Interesses dies erfordern. Das Tatbestandsmerkmal „erfordert“ beinhaltet, dass vernünftige und zumutbare Alternativen zu untersuchen sind.
Diese Prüfung von Alternativen ist kein Teil der Verträglichkeitsprüfung, sondern der Befreiungsprüfung. Im Sinn einer Straffung und Beschleunigung des Verfahrens sollte der Vorhabensträger allerdings bei Vorhaben, bei denen erhebliche Beeinträchtigungen nicht mit der nötigen Sicherheit von vorneherein ausgeschlossen werden können, bereits bei Vorbereitung des Projekts prüfen, ob Standort- beziehungsweise Ausführungsalternativen die nicht ausschließbaren erheblichen Beeinträchtigungen entfallen ließen.
Als Alternativen kommen sowohl die Wahl eines anderen Standortes als auch eine andere Art der Ausführung in Betracht. Durch die Alternative müssen die mit dem Projekt angestrebten Ziele im Wesentlichen in vergleichbarer Weise verwirklicht werden können (Identität des Projektes). Daher stellt die sog. Nullvariante, also die gänzliche Aufgabe des Projekts, keine zu prüfende Alternative dar. Es sind die sich aufdrängenden Alternativen, denen nicht von vornherein gewichtige Belange entgegenstehen, zu untersuchen.
Bei der Beurteilung der Zumutbarkeit von Alternativen ist der Grundsatz der Verhältnismäßigkeit zu beachten, insbesondere sind auch Kostengesichtspunkte zu berücksichtigen.
11.5   Überwiegendes öffentliches Interesse
Gibt es keine zumutbare Alternative oder reicht eine solche nicht aus, um erhebliche Beeinträchtigungen zu vermeiden, kann das Projekt nach Art. 49a Abs. 2 Sätze 1 und 2 BayNatSchG nur zugelassen werden, wenn es aus zwingenden Gründen des überwiegenden öffentlichen Interesses, einschließlich solcher sozialer und wirtschaftlicher Art, notwendig ist. Als im öffentlichen Interesse liegend kommen alle Belange in Betracht, die dem Wohl der Allgemeinheit dienen. Private, nicht zugleich öffentlichen Interessen dienende Projekte kommen somit als Rechtfertigung für die Zulassung von Ausnahmen nicht in Betracht. Zu den öffentlichen Interessen können auch solche wirtschaftlicher oder sozialer Art gehören.
Öffentliche Interessen, die regelmäßig ein hohes Gewicht besitzen, nennt Art. 49a Abs. 2 Satz 3 BayNatSchG. Dabei handelt es sich um solche im Zusammenhang mit der Gesundheit des Menschen, der öffentlichen Sicherheit einschließlich der Landesverteidigung und des Schutzes der Zivilbevölkerung oder um Projekte, die maßgeblich günstige Auswirkungen auf die Umwelt haben. Auch hier bedarf es aber einer Gewichtung im Einzelfall und einer Abwägung. Hierbei ist die Bedeutung der „Natura-2000“-Gebiete zu beachten.
Allerdings genügt nicht jedes öffentliche Interesse, um ein Projekt zu rechtfertigen. Vielmehr muss das öffentliche Interesse, das mit dem Projekt verfolgt wird, im einzelnen Fall gewichtiger sein als die im konkreten Fall betroffenen und mit der FFH- und der Vogelschutz-Richtlinie geschützten Interessen („überwiegendes öffentliches Interesse“). Weil die Gründe, die für das Projekt sprechen „zwingend“ sein müssen, muss ihr Übergewicht deutlich sein und es darf, wie in Nr. 11.4 dargelegt, keine Alternativen geben.
11.6   Prioritäre Lebensraumtypen/Arten
Das Verfahren zur Zulassung von Befreiungen nach Art. 49a Abs. 2 Satz 1 BayNatSchG ist durch Satz 3 modifiziert, wenn durch das Projekt prioritäre Lebensraumtypen oder prioritäre Arten, die für die Aufnahme des Gebietes in das Europäische Netz „Natura-2000“ maßgeblich waren, erheblich beeinträchtigt werden.
Sofern andere als die dort genannten Gründe für eine Beeinträchtigung des Schutzgebietes angeführt werden sollen, hat vor einer positiven Entscheidung die nach Nr. 11.3, 13.2 oder 14.2 zuständige Behörde über das Staatsministerium für Landesentwicklung und Umweltfragen – oberste Naturschutzbehörde – und das Bundesumweltministerium eine Stellungnahme der Europäischen Kommission einzuholen. Die Unterlagen umfassen
–  die nach Nrn. 9.7.1 und 11.2 vom Projektträger gemachten Angaben,	
 
–  den Fachbeitrag der Naturschutzbehörde und gegebenenfalls weitere fachliche Äußerungen Dritter nach Nr. 9.7.2,	
 
–  die Beurteilung der Verträglichkeit durch die nach Nr. 9.6 zuständige Behörde,	
 
–  die vorgesehene Entscheidung.	
 
Die Stellungnahme der Europäischen Kommission ist bei der abschließenden Prüfung der Befreiungsvoraussetzungen zu berücksichtigen. Dabei hat eine inhaltliche Auseinandersetzung mit der Auffassung der Kommission stattzufinden; eine Abweichung ist zu begründen.
11.7   Kohärenzausgleich
Wird ein Projekt nach Art. 49a Abs. 2 BayNatSchG zugelassen, sind gemäß § 19c Abs. 5 BNatSchG alle zur Sicherung des Zusammenhangs des Europäischen Netzes „Natura 2000“ notwendigen Maßnahmen zu ergreifen (Kohärenzausgleich). Diese Pflicht trifft nicht den Projektträger, sondern den Freistaat Bayern.
Die notwendigen Maßnahmen sind eigenständig zu ermitteln.
Die Maßnahmen zur Wahrung des Netzzusammenhanges müssen erreichen, dass die von dem Projekt beeinträchtigten Funktionen im Europäischen Netz „Natura 2000“ zeitlich lückenlos wiederhergestellt werden. In Betracht kommen nach Lage des Einzelfalles insbesondere Verbesserungen im Gebiet selbst, Flächenausdehnung abseits des betroffenen Teilbereiches oder – bei schwerer Beeinträchtigung – die Aufnahme eines anderen, bislang nicht gemeldeten Gebietes, das die gleichen Funktionen im europäischen Netz erfüllen kann.
Die Naturschutzbehörde nimmt auch zum Kohärenzausgleich Stellung. Sie veranlasst, soweit möglich, die weiteren Maßnahmen, die sie neben den dem Projektträger auferlegten Maßnahmen zur Wahrung des Netzzusammenhanges für unerlässlich hält und unterrichtet im Übrigen das Staatsministerium für Landesentwicklung und Umweltfragen, das seinerseits die notwendigen Maßnahmen in die Wege leitet. Bei Meldung neuer Flächen als FFH- oder als Vogelschutz-Gebiet wird ein Dialogverfahren mit den betroffenen Eigentümern und Stellen durchgeführt.
Die dem Projektträger nach der naturschutzrechtlichen Eingriffsregelung obliegenden Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen und der Kohärenzausgleich stehen grundsätzlich nebeneinander. Im Ergebnis können allerdings bestimmte tatsächliche Maßnahmen geeignet sein, sowohl die rechtlichen Anforderungen im Hinblick auf das Europäische Netz „Natura 2000“ als auch der Eingriffsregelung zu erfüllen. Bei einem Nebeneinander von Maßnahmen zur Wahrung des Netzzusammenhanges einerseits und Kompensationsmaßnahmen nach der Eingriffsregelung andererseits haben die Kompensationsmaßnahmen dazu beizutragen, dass der Zusammenhang des Europäischen Netzes „Natura 2000“ sichergestellt wird (Art. 49a Abs. 4 BayNatSchG). Deshalb sind die Maßnahmen zur Wahrung des Netzzusammenhanges, soweit sie sich aus der Kompensationsverpflichtung nach der Eingriffsregelung ergeben, dem Projektträger aufzuerlegen. 
Die Verpflichtungen des Projektträgers sind durch die Zulassungsentscheidung festzulegen. Zur Sicherung der Verpflichtungen kommt ergänzend die Anordnung einer Sicherheitsleistung als Nebenbestimmung nach dem jeweils anwendbaren Fachrecht beziehungsweise, soweit die Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen nach Art. 6a BayNatSchG betroffen sind, nach Art. 6b Abs. 6 Satz 1 BayNatSchG in Betracht. Wenn ergänzende Verträge mit Landbewirtschaftern oder hoheitliche Maßnahmen, z.B. Schutzgebietsausweisungen erforderlich sind, kann sich ein Vertrag zwischen dem Projektträger und der Naturschutzbehörde, die tätig werden soll, anbieten, der Maßnahmen oder Finanzierungsbeiträge des Projektträgers für notwendige Entschädigungsleistungen beinhaltet.
Die nach den Nrn. 11.3, 13.2 und 14.2 zuständige Behörde ist auch zuständige Behörde im Sinn des § 19c Abs. 5 Satz 2 BNatSchG, soweit die Maßnahmen des Kohärenzausgleiches im Bescheid festgesetzt werden. Die Unterrichtung der Kommission erfolgt über die höhere Naturschutzbehörde, die gegebenenfalls die Maßnahmen des Kohärenzausgleiches ergänzt, die darüber hinaus getroffen werden, das Staatsministerium für Landesentwicklung und Umweltfragen – oberste Naturschutzbehörde – und das Bundesumweltministerium.